為了規(guī)范進出口貨物減免稅管理，保障進出口貨物減免稅申請人(以下簡稱減免稅申請人)的合法權益，海關總署根據(jù)有關法律和行政法規(guī)的規(guī)定，制定了減免稅管理辦法。
(一)減免稅申辦手續(xù)
減免稅申請人除特殊情況外應當向其所在地主管海關(以下簡稱主管海關)申請辦理減免稅備案、減免稅審批、減免稅稅款擔保和后續(xù)管理業(yè)務等相關手續(xù)，向進口口岸海關(以下簡稱口岸海關)辦理減免稅貨物進出口通關手續(xù)。
減免稅申請人可以自行也可以委托他人向海關申請辦理上述手續(xù)。委托他人辦理的，應當由被委托人持減免稅申請人出具的“減免稅手續(xù)辦理委托書”及其他相關材料向海關申請，海關審核同意后可準予被委托人辦理相關手續(xù)。
投資項目所在地海關與減免稅申請人所在地海關不是同一海關的，減免稅申請人應當向投資項目所在地海關申請辦理減免稅備案、審批手續(xù)。
投資項目所在地涉及多個海關的，減免稅申請人可以向其所在地海關或者有關海關的共同上級海關申請辦理減免稅備案、審批手續(xù)。有關海關的共同上級海關可以指定相關海關辦理減免稅備案、審批手續(xù)。
投資項目由投資項目單位所屬非法人分支機構具體實施的，在獲得投資項目單位的授權并經(jīng)投資項目所在地海關審核同意后，該非法人分支機構可以向投資項目所在地海關申請辦理減免稅備案、審批手續(xù)。
減免稅貨物申辦的流程是：辦理減免稅備案手續(xù)一辦理減免稅審批手續(xù)一實際進出口減免稅貨物。
1．減免稅備案手續(xù)
減免稅申請人按照有關進出口稅收優(yōu)惠政策的規(guī)定申請減免稅進出口貨物前，應持下列單證向主管海關申請辦理減免稅備案手續(xù)：
(1)進出口貨物減免稅備案申請表；
(2)企業(yè)營業(yè)執(zhí)照或者事業(yè)單位法人證書、國家機關設立文件、社團登記證書、民辦非企業(yè)單位登記證書、基金會登記證書等證明材料；
(3)相關政策規(guī)定的享受進出口稅收優(yōu)惠政策資格的證明材料；
(4)海關認為需要提供的其他材料。
上述單證應當交驗原件，同時提交加蓋減免稅申請人有效印章的復印件。
2．減免稅審批手續(xù)
減免稅申請人應當在貨物申報進出口前，持下列單證向主管海關申請辦理進出口貨物減免稅審批手續(xù)：
(1)進出口貨物征免稅申請表；
(2)企業(yè)營業(yè)執(zhí)照或者事業(yè)單位法人證書、國家機關設立文件、社團登記證書、民辦非企業(yè)單位登記證書、基金會登記證書等證明材料；
(3)進出口合同、發(fā)票，以及相關貨物的產(chǎn)品情況資料；
(4)相關政策規(guī)定的享受進出口稅收優(yōu)惠政策資格的證明材料；
(5)海關認為需要提供的其他材料。
止述單證應當交驗原件，同時提交加蓋減免稅申請人有效印章的復印件。
海關審核同意后向減免稅申請人簽發(fā)“中華人民共和國海關進出口貨物征免稅證明”(以下簡稱征免稅證明)。
除國家政策調(diào)整等原因并經(jīng)海關總署批準外，貨物征稅放行后，減免稅申請人申請補辦減免稅審批手續(xù)的，海關不予受理。
3．實際進出口貨物
減免稅申請人持海關簽發(fā)的征免稅證明，并在有效期內(nèi)向口岸海關辦理進出口貨物通關手續(xù)。若不能在有效期內(nèi)辦理，需要延期的，應當在征免稅證明有效期內(nèi)向主管海關提出延期申請。經(jīng)主管海關審核同意，準予辦理延長征免稅證明有效期手續(xù)。
4．稅款擔保
若出現(xiàn)以下情形的減免稅申請人可以在貨物申報進出口前持有關單證向主管海關申請憑稅款擔保先予辦理貨物放行手續(xù)：
(1)主管海關按照規(guī)定已經(jīng)受理減免稅備案或者審批申請，尚未辦理完畢的；
(2)有關進出口稅收優(yōu)惠政策已經(jīng)國務院批準，具體實施措施尚未明確，海關總署已確認減免稅申請人屬于享受該政策范圍的；
(3)其他經(jīng)海關總署核準的情況。
減免稅申請人持準予擔保的證明向口岸海關辦理減免稅貨物稅款擔保手續(xù)。