出口加工區(qū)在進(jìn)出口貨物之前，應(yīng)向出口加工區(qū)主管海關(guān)申請(qǐng)建立電子賬冊(cè)，包括“加工貿(mào)易電子賬冊(cè)(H賬冊(cè))”和“企業(yè)設(shè)備電子賬冊(cè)”。
1、與境外之間進(jìn)出境貨物的報(bào)關(guān)(通常與保稅區(qū)結(jié)合在一起考，作比較)
應(yīng)填寫(xiě)的是“進(jìn)出境貨物備案清單”，向出口加工區(qū)海關(guān)報(bào)關(guān)。
跨關(guān)區(qū)進(jìn)出境的時(shí)候，按“轉(zhuǎn)關(guān)運(yùn)輸”中的直轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)關(guān)方式辦理轉(zhuǎn)關(guān)。對(duì)于同一直屬海關(guān)的關(guān)區(qū)內(nèi)進(jìn)出境的出口加工區(qū)貨物，可以按直通式報(bào)關(guān)。
(1)境外貨物運(yùn)入出口加工區(qū)，采用直轉(zhuǎn)的轉(zhuǎn)關(guān)的方式辦理轉(zhuǎn)關(guān)的步驟。
(2)出口加工區(qū)貨物運(yùn)出境外，采用直通式報(bào)關(guān)。
2、出口加工區(qū)與境內(nèi)區(qū)外其他地區(qū)之間進(jìn)出貨物報(bào)關(guān)
(1)出口加工區(qū)貨物運(yùn)往境內(nèi)區(qū)外(出區(qū)進(jìn)入國(guó)內(nèi)市場(chǎng))
其他規(guī)定：
①出口加工區(qū)企業(yè)內(nèi)銷(xiāo)加工制成品，以海關(guān)接受內(nèi)銷(xiāo)申報(bào)的同時(shí)或大約同時(shí)進(jìn)口的相同或類(lèi)似貨物進(jìn)口成交價(jià)格為基礎(chǔ)審查確定完稅價(jià)格。
②內(nèi)銷(xiāo)的副產(chǎn)品，以?xún)?nèi)銷(xiāo)價(jià)格作為完稅價(jià)格，由區(qū)外企業(yè)繳納進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅，免于交付緩稅利息。屬許可證件管理的，出具有效的進(jìn)口許可證件。
③出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)產(chǎn)生的邊角料、廢品、殘次品等原則上應(yīng)復(fù)運(yùn)出境。如出區(qū)內(nèi)銷(xiāo)按照對(duì)區(qū)外其他加工貿(mào)易貨物內(nèi)銷(xiāo)的相關(guān)規(guī)定辦理：(2010年新增)
A、邊角料、廢品內(nèi)銷(xiāo)，海關(guān)按照?qǐng)?bào)驗(yàn)狀態(tài)歸類(lèi)后適用的稅率和審定的價(jià)格計(jì)征稅款，免予提交許可證件；
B、邊角料、廢品以處置方式銷(xiāo)毀的，或者屬于禁止進(jìn)口的固體廢物需出區(qū)進(jìn)行利用或者處置的，區(qū)內(nèi)企業(yè)持處置單位的“危險(xiǎn)廢物經(jīng)營(yíng)許可證”復(fù)印件以及出口加工區(qū)管委會(huì)和所在地地(市)級(jí)環(huán)保部門(mén)的批準(zhǔn)文件向海關(guān)辦理有關(guān)手續(xù)；
C、對(duì)無(wú)商業(yè)價(jià)值且不屬于禁止進(jìn)口的固體廢物的邊角料和廢品，需運(yùn)往區(qū)外以處置之外的其他方式銷(xiāo)毀的，應(yīng)憑出口加工區(qū)管委會(huì)的批件，向主管海關(guān)辦理出出區(qū)手續(xù)，海關(guān)予以免稅，并免予核驗(yàn)進(jìn)口許可證件；
D、殘次品出區(qū)內(nèi)銷(xiāo)，按成品征收進(jìn)口關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)海關(guān)代征稅，屬于進(jìn)口許可證件管理的，企業(yè)應(yīng)當(dāng)向海關(guān)提交相應(yīng)許可證件；對(duì)屬于《法檢目錄》內(nèi)的出區(qū)內(nèi)銷(xiāo)殘次品，須經(jīng)出入境檢驗(yàn)檢疫機(jī)構(gòu)按照國(guó)家技術(shù)規(guī)范的強(qiáng)制性要求檢驗(yàn)合格后，方可內(nèi)銷(xiāo)。
④出口加工區(qū)內(nèi)企業(yè)在需要時(shí)，可將有關(guān)模具、半成品運(yùn)往區(qū)外進(jìn)行加工，由區(qū)外企業(yè)，向加工區(qū)主管海關(guān)繳納貨物應(yīng)征關(guān)稅和進(jìn)口環(huán)節(jié)增殖稅等值的保證金或銀行保函后方可處理出區(qū)手續(xù)。加工產(chǎn)品應(yīng)按期，一般為6個(gè)月，復(fù)運(yùn)回加工區(qū)。
⑤出口加工區(qū)區(qū)內(nèi)企業(yè)經(jīng)主管海關(guān)批準(zhǔn)，可在境內(nèi)區(qū)外進(jìn)行產(chǎn)品的測(cè)試、檢驗(yàn)和展示活動(dòng)。
⑥運(yùn)往境內(nèi)區(qū)外維修、測(cè)試或檢驗(yàn)的機(jī)器、設(shè)備、模具和辦公用品等，不得用于境內(nèi)區(qū)外加工生產(chǎn)和使用。應(yīng)自運(yùn)出之日起60天內(nèi)運(yùn)回加工區(qū)。因特殊情況不能如期運(yùn)回的，區(qū)內(nèi)企業(yè)應(yīng)于期限屆滿(mǎn)前7天內(nèi)，向主管海關(guān)說(shuō)明情況，并申請(qǐng)延期。申請(qǐng)延期以1次為限，延長(zhǎng)期不得超過(guò)30天。
⑦運(yùn)往境內(nèi)區(qū)外維修的機(jī)器、設(shè)備、模具和辦公用品等，運(yùn)回加工區(qū)時(shí)，要以海關(guān)能辨認(rèn)其為原物或同一規(guī)格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應(yīng)一并運(yùn)回加工區(qū)。