1、進倉報關(guān)
保稅倉庫貨物進境入倉時，除國家另有規(guī)定外，免領(lǐng)進口許可證件。
(1)如果倉庫主管海關(guān)與進境口岸不是同一直屬海關(guān)的，按轉(zhuǎn)關(guān)方式來辦理，可以按“提前報關(guān)轉(zhuǎn)關(guān)方式”申報，也可以按“直轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)關(guān)方式”申報。
(2)如果倉庫主管海關(guān)與進境口岸是同一直屬海關(guān)的，經(jīng)批準，可以不按轉(zhuǎn)關(guān)運輸方式辦理，由經(jīng)營企業(yè)直接在口岸海關(guān)辦理報關(guān)手續(xù)，口岸海關(guān)放行后，企業(yè)自行提取貨物入倉。
2、出倉報關(guān)
保稅倉庫貨物出倉可能出現(xiàn)進口報關(guān)(進入國內(nèi)市場)和出口報關(guān)(復(fù)運出口)。
(1)出口報關(guān)：保稅倉庫出倉復(fù)運出境貨物，應(yīng)當按轉(zhuǎn)關(guān)運輸方式辦理出倉手續(xù)。是同一直屬海關(guān)的，經(jīng)批準，可以不按轉(zhuǎn)關(guān)運輸方式辦理。
(2)進口報關(guān)
轉(zhuǎn)為正式進口的同一批貨物，要填制兩張報關(guān)單，一張辦結(jié)出倉報關(guān)手續(xù)，填制出口貨物報關(guān)單。另一張辦理進口申報手續(xù)，按照實際進口監(jiān)管方式，填制進口貨物報關(guān)單。進口手續(xù)大體分為：
①保稅倉庫貨物出倉用于加工貿(mào)易的，由加工貿(mào)易企業(yè)或其代理人按保稅加工貨物的報關(guān)程序辦理進口報關(guān)手續(xù)。
②保稅倉庫貨物出倉作為特定減免稅貨物的，由享受特定減免稅的企業(yè)按特定減免稅貨物的報關(guān)程序辦理進口報關(guān)手續(xù)。
③保稅倉庫貨物出倉進入國內(nèi)市場，按一般進口貨物的報關(guān)程序辦理進口報關(guān)手續(xù)。
④保稅倉庫內(nèi)的寄售維修零配件申請以保修期內(nèi)免費出倉的，由保稅倉庫經(jīng)營企業(yè)辦理進口報關(guān)手續(xù)，填制進口報關(guān)單，貿(mào)易方式欄填“無代價抵償貨物”，并確認免稅出倉的維修件在保修期內(nèi)不超過原設(shè)備進口之日起3年。
(3)集中報關(guān)：保稅貨物出庫批量少批次頻繁，經(jīng)海關(guān)批準可以辦理定期集中報關(guān)手續(xù)。
3、流轉(zhuǎn)報關(guān)
(1)保稅倉庫與特殊監(jiān)管區(qū)域之間往來流轉(zhuǎn)的貨物，按轉(zhuǎn)關(guān)運輸?shù)挠嘘P(guān)規(guī)定辦理，保稅倉庫與特殊監(jiān)管區(qū)域?qū)儆谕轮睂訇P(guān)區(qū)內(nèi)的，可不按轉(zhuǎn)關(guān)運輸辦理。
(2)保稅倉庫貨物轉(zhuǎn)往其他保稅倉庫的，應(yīng)當各自在倉庫主管海關(guān)報關(guān)，報關(guān)時先辦理進口報關(guān)，再辦理出口報關(guān)。