對于同時適用多種稅率的進口貨物，在選擇適用的稅率時，基本的原則是“從低適用”，特殊情況除外。
1.原產(chǎn)于共同適用最惠國待遇條款的世界貿(mào)易組織成員的進口貨物，原產(chǎn)于與中華人民共和國簽訂含有相互給予最惠國待遇條款的雙邊貿(mào)易協(xié)定的國家或者地區(qū)的進口貨物，以及原產(chǎn)于中華人民共和國境內(nèi)的進口貨物，適用最惠國稅率。
原產(chǎn)于與中華人民共和國簽訂含有關(guān)稅優(yōu)惠條款的貿(mào)易協(xié)定的國家或者地區(qū)的進口貨物，適用協(xié)定稅率。原產(chǎn)于與中華人民共和國簽訂含有特殊關(guān)稅優(yōu)惠條款的貿(mào)易協(xié)定的國家或者地區(qū)的進口貨物，或者原產(chǎn)于中華人民共和國自主給予特別優(yōu)惠關(guān)稅待遇的國家或者地區(qū)的進口貨物，適用特惠稅率。
上述之外的國家或者地區(qū)的進口貨物，以及原產(chǎn)地不明的進口貨物，適用普通稅率。
2.適用最惠國稅率的進口貨物有暫定稅率的，應(yīng)當適用暫定稅率；適用協(xié)定稅率、特惠稅率的進口貨物有暫定稅率的，應(yīng)當從低適用稅率；適用普通稅率的進口貨物，不適用暫定稅率。對于無法確定原產(chǎn)國(地區(qū))的進口貨物，按普通稅率征稅。
3.按照國家規(guī)定實行關(guān)稅配額管理的進口貨物，關(guān)稅配額內(nèi)的，適用關(guān)稅配額稅率；關(guān)稅配額外的，其稅率的適用按其所適用的其他相關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
4.按照有關(guān)法律、行政法規(guī)的規(guī)定對進口貨物采取反傾銷、反補貼、保障措施的，其稅率的適用按照《反傾銷條例》、《反補貼條例》和《保障措施條例》的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。
5.任何國家或者地區(qū)違反與中華人民共和國簽訂或者共同參加的貿(mào)易協(xié)定及相關(guān)協(xié)定，對中華人民共和國在貿(mào)易方面采取禁止、限制、加征關(guān)稅或者其他影響正常貿(mào)易的措施的，對原產(chǎn)于該國家或者地區(qū)的進口貨物可以征收報復(fù)性關(guān)稅，適用報復(fù)性關(guān)稅稅率。征收報復(fù)性關(guān)稅的貨物、適用國別、稅率、期限和征收辦法，由國務(wù)院關(guān)稅稅則委員會決定并公布。
6.凡進口原產(chǎn)于與我國達成優(yōu)惠貿(mào)易協(xié)定的國家或地區(qū)并享受協(xié)定稅率的商品，同時該商品又屬于我國實施反傾銷或反補貼措施范圍內(nèi)的，應(yīng)按照優(yōu)惠貿(mào)易協(xié)定稅率計征進口關(guān)稅；凡進口原產(chǎn)于與我國達成優(yōu)惠貿(mào)易協(xié)定的國家或地區(qū)并享受協(xié)定稅率的商品，同時該商品又屬于我國采取保障措施范圍內(nèi)的，應(yīng)在該商品全部或部分中止、撤銷、修改關(guān)稅減讓義務(wù)后所確定的適用稅率基礎(chǔ)上計征進口關(guān)稅。
7.執(zhí)行國家有關(guān)進出口關(guān)稅減征政策時，首先應(yīng)當在最惠國稅率基礎(chǔ)上計算有關(guān)稅目的減征稅率，然后根據(jù)進口貨物的原產(chǎn)地及各種稅率形式的適用范圍，將這一稅率與同一稅目的特惠稅率、協(xié)定稅率、進口暫定最惠國稅率進行比較，稅率從低執(zhí)行，但不得在暫定最惠國稅率基礎(chǔ)上再進行減免。
8.從2002年起我國對部分非全稅目信息技術(shù)產(chǎn)品的進口按ITA稅率征稅。