眾所周知，辦理出口退稅是有時間限制的。有些公司因報關(guān)單超期而錯過了規(guī)定的退稅申報期，申報時退稅審核系統(tǒng)顯示已過期不能辦理申報。那么，這些公司還能辦理出口退稅嗎？
根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于 出口退稅 若干問題的通知》（國稅發(fā)〔2000〕165號）第一條規(guī)定，保稅區(qū)外的出口企業(yè)銷售給外商的出口貨物，如外商將貨物存放在保稅區(qū)內(nèi)的倉儲企業(yè)，離境時由倉儲企業(yè)辦理報關(guān)手續(xù)的，保稅區(qū)外的出口企業(yè)可憑貨物進入保稅區(qū)的出口貨物報關(guān)單、倉儲企業(yè)的出口備案清單及其他規(guī)定的憑證，向稅務(wù)機關(guān)申請辦理退稅。
由于該《通知》同時規(guī)定，保稅區(qū) 海關(guān) 須在上述貨物全部離境后，方可簽發(fā)貨物進入保稅區(qū)的出口貨物報關(guān)單 。對保稅區(qū)海關(guān)在貨物離境后根據(jù)貨物進入保稅區(qū)的日期簽發(fā)出口貨物 報關(guān)單 ，可能造成出口企業(yè)申報退稅時超過退稅申報期而無法退（免）稅的問題。
國家稅務(wù)總局在《關(guān)于經(jīng)保稅區(qū)出口貨物申報出口退（免）稅有關(guān)問題的批復(fù)》（國稅函〔2005〕255號）作出解釋性規(guī)定，對符合國稅發(fā)〔2000〕165號文件第一條規(guī)定的出口貨物，出口企業(yè)可以最后一批出口貨物的備案清單上 海關(guān) 注明的出口日期為準(zhǔn)申報退（免）稅。
因此，上述公司可憑最近一份出口備案清單向出口退稅機關(guān)申請辦理出口退稅。