根據(jù)監(jiān)管物件的不同，海關監(jiān)管分為運輸工具監(jiān)管、貨物監(jiān)管、和物品監(jiān)管三大體系，每個體系都有一整套規(guī)范的管理程式與方法。監(jiān)管是海關最基本的任務，海關 的其他任務都是在監(jiān)管工作的基礎上進行的。除了通過備案、審單、查驗、放行、后續(xù)管理等方式對進出境運輸工具、貨物、物品的進出境活動實施監(jiān)管外，海關監(jiān) 管還要執(zhí)行或監(jiān)督執(zhí)行國家其他對外貿(mào)易管理制度的實施，如進出口許可制度、外匯管理制度、進出口商品檢驗檢疫制度、文物管理制度等，從而在政治、經(jīng)濟、文 化道德、公眾健康等方面維護國家利益。
1、一般貿(mào)易監(jiān)管
一般貿(mào)易是指中國境內(nèi)有進出口權(quán)的企業(yè)單邊進口或單邊出口的貿(mào)易。這種貿(mào)易方式主要有申報、查驗、征稅、放行四個環(huán)節(jié)，海關對其的監(jiān)管也是由此四個環(huán)節(jié)展開。
(一)進出口申報
進出口貨物收發(fā)貨人、受委托的報關企業(yè)，依照《海關法》以及有關法律、法規(guī)的要求，在規(guī)定的期限(進口貨物為進境之日起十四天內(nèi)，出口貨物運抵海關監(jiān)管區(qū) 后裝貨的二十四小時前)，進出境貨物的口岸或關境，采用電子資料報關單和紙質(zhì)報關單形式，向海關報告實際進出口貨物的情況，海關以申報資料(商業(yè)發(fā)票、裝箱單 等相關單證)對照報關進行審核。進口貨物收發(fā)貨人未按規(guī)定期限向海關申報產(chǎn)生滯報的，由海關按規(guī)定征收滯報金。海關接受進出口貨物申報后，電子資料和紙質(zhì) 的進出口貨物報關單不得修改或者撤銷；確有正當理由的，經(jīng)海關審核批準，可以修改或撤銷。
(二)配合查驗
海關為確定進出境貨物收發(fā)貨人向海關申報的內(nèi)容是否與進出口貨物的真實相符，或者為確定商品的海關編碼、價格、原產(chǎn)地等，依法對進出口貨物進行實際核查。通過實際核查，檢查報關單位是否偽報、瞞報、申報不實，同時也為海關的征稅、統(tǒng)計、后續(xù)管理提供可靠的資料。
查驗的實施一般在海關監(jiān)管區(qū)內(nèi)執(zhí)行，也有特殊的原因需要在海關監(jiān)管區(qū)外執(zhí)行的。海關查驗的方法可以徹底查驗，也可以抽查；查驗的操作分為人工查驗和設備查驗。
海關查驗貨物時進出口貨物收發(fā)貨人或其代理人應當?shù)綀雠浜喜轵?，查驗結(jié)束后，海關查驗人員填寫《海關進出境貨物查驗記錄單》現(xiàn)場人員簽名確認，查驗過程如因查驗人員的責任發(fā)生損壞，屬海關賠償范圍的，海關依法賠償。
(三)繳納稅費
貨物經(jīng)過申報、查驗環(huán)節(jié)后，海關核對電腦計算的稅費，開具稅款繳款書和收費票據(jù)，進出口貨物收發(fā)貨人或其代理人在規(guī)定時間內(nèi)，向指定銀行辦理稅費交付手續(xù)或通過網(wǎng)路進行電子支付。
(四)放行(提取或裝運貨物)
海關接受進出口貨物的申報，審核申報資料及相關單證，并且貨物通過上述申報、查驗、征稅環(huán)節(jié)后，對一般貿(mào)易進出口貨物結(jié)束海關進出境現(xiàn)場監(jiān)管，允許進出口貨物離開海關監(jiān)管現(xiàn)場的工作環(huán)節(jié)。
在實行“無紙通關”申報方式的海關，海關做出現(xiàn)場旅行的決定后，通過電腦將資訊發(fā)送給進出口貨物收發(fā)貨人或其代理人和海關監(jiān)管貨物保管人，進出口貨物收發(fā)貨人或其代理人自行列印海關放行通知書，提取或裝運貨物。
2、加工貿(mào)易監(jiān)管
外資企業(yè)主要以加工貿(mào)易的方式經(jīng)營。海關以往的加工貿(mào)易監(jiān)管規(guī)定往往只是針對特定時期的某一種貿(mào)易方式或某一項業(yè)務而制定，缺乏一部系統(tǒng)的、全面的監(jiān)管規(guī) 章。另外，多數(shù)加工貿(mào)易的監(jiān)管規(guī)定制定的立法環(huán)境、條件與現(xiàn)在相比已發(fā)生很大變化，有些規(guī)定出現(xiàn)不適應狀況。針對上述原因，《中華人民共和國對加工貿(mào)易貨 物監(jiān)管辦法》也就應運而生，對以往規(guī)定進行了整合與規(guī)范，并于2004年4月1日開始正式實施。
目前，我國加工貿(mào)易管理實行保稅監(jiān)管制度。從1995年開始，海關根據(jù)國務院規(guī)定，對加工貿(mào)易實行銀行保證金臺帳管理制度，有效地保障了國家關稅的稅收， 但仍需進一步完善?！逗ｊP法》對海關要求企業(yè)提交擔保的范圍、方式已有原則性規(guī)定，因此，新的《加工貿(mào)易貨物監(jiān)管辦法》規(guī)定海關對加工貿(mào)易實行擔保制度， 規(guī)定了擔保適用的有關情形，規(guī)定了擔保的解除條件。
核查是加工貿(mào)易海關監(jiān)管的手段，因此《加工貿(mào)易貨物監(jiān)管辦法》明確了海關“核查”的法律地位，保留了海關對企業(yè)進行勘驗、核查的權(quán)力，規(guī)定海關根據(jù)監(jiān)管需 要，可以對企業(yè)進行核查，企業(yè)應當予以配合。另一方面，加工貿(mào)易海關監(jiān)管還應與企業(yè)管理密切聯(lián)系，關注的重點從貨物轉(zhuǎn)到企業(yè)與貨物并重，重點放在企業(yè)自 管。要求加工貿(mào)易企業(yè)須經(jīng)海關注冊登記，按規(guī)定設置并向海關報送有關帳簿、報表和其他單證。
另外，進一步完善加工貿(mào)易和保稅監(jiān)管法規(guī)體系，建立健全“企業(yè)自管、海關監(jiān)管、地方政府協(xié)管、社會共管”的綜合治理機制等工作，中國海關海關實行聯(lián)網(wǎng)監(jiān) 管。來自海關總署的資料顯示，到2005年底，海關共對2,290家大型加工貿(mào)易企業(yè)實施了聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管，聯(lián)網(wǎng)企業(yè)加工貿(mào)易進出口值已占中國全部加工貿(mào)易進出口值的56.5%。